Identificación molecular de helicobacter pylori en tejidos gástricos con neoplasias malignas embebidos en parafina / Molecular identification of helicobacter pylori in paraffin embedded gastric tissues with malignant neoplasm

Introducción: Helicobacter pylori es considerado uno de los principales agentes causales de gastritis crónica, úlcera péptica y neoplasias gástricas malignas en humanos. Objetivo: evaluar el uso de la reacción en cadena de la polimerasa para la identificación de H. pylori y sus genotipos en tejidos gástricos con neoplasias malignas embebidos en parafina. Material y Métodos: se estudiaron secciones de 5 bloques de parafina procedentes de 5 pacientes mexicanos con neoplasias gástricas malignas. Se realizaron coloraciones de rutina y especiales de anatomía patológica, así como la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa para la detección del microorganismo y sus genotipos. Resultados: la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa identificó a este agente infeccioso en todos los bloques analizados en correspondencia con su detección a través de las técnicas histológicas. Esta metodología permitió demostrar una variabilidad genética del patógeno en las muestras analizadas según los genotipos vacA y cagA. Conclusiones: la reacción en cadena de la polimerasa podría ser un método eficaz en la identificación del H. pylori en tejidos gástricos con neoplasias malignas embebidos en parafina. Esta se perfila como una estrategia atractiva para realizar estudios de epidemiología molecular y permitirá establecer posibles asociaciones de genotipos/ subtipos del microorganismo con variables clínicas, epidemiológicas y de manejo del paciente(AU)

Introduction: Helicobacter pylori is considered one of the main causal agents of chronic gastritis, peptic ulcer and gastric malignant neoplasms in humans. Objective: to evaluate polymerase chain reaction for identification of Helicobacter pylori and its genotypes in paraffin embedded gastric tissues with malignant neoplasms. Material and Methods: sections of five paraffin blocks from five patients with gastric malignant neoplasms were studied. They were analyzed through routine and special stains of pathological anatomy, as well as the polymerase chain reaction technic for microorganism and genotypes detection. Results: the infectious agent was identified in all of the analyzed blocks through the polymerase chain reaction technic in correspondence with its detection through histologic techniques. This methodology showed a genetic variability of the pathogen in the analyzed samples in respect to vacA and cagA genotypes. Conclusions: the polymerase chain reaction could be an efficacious method for the identification of H. pylori in paraffin embedded gastric tissues with malignant neoplasms. It is projected as an attractive strategy for performing studies of molecular epidemiology and the establishment of possible associations between genotypes/subtypes of the microorganism and clinic or epidemiologic variables, and patient handling(AU)

Identificación molecular de helicobacter pylori en tejidos gástricos con neoplasias malignas embebidos en parafina / Molecular identification of helicobacter pylori in paraffin embedded gastric tissues with malignant neoplasm

Introducción: Helicobacter pylori es considerado uno de los principales agentes causales de gastritis crónica, úlcera péptica y neoplasias gástricas malignas en humanos. Objetivo: evaluar el uso de la reacción en cadena de la polimerasa para la identificación de H. pylori y sus genotipos en tejidos gástricos con neoplasias malignas embebidos en parafina. Material y Métodos: se estudiaron secciones de 5 bloques de parafina procedentes de 5 pacientes mexicanos con neoplasias gástricas malignas. Se realizaron coloraciones de rutina y especiales de anatomía patológica, así como la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa para la detección del microorganismo y sus genotipos. Resultados: la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa identificó a este agente infeccioso en todos los bloques analizados en correspondencia con su detección a través de las técnicas histológicas. Esta metodología permitió demostrar una variabilidad genética del patógeno en las muestras analizadas según los genotipos vacA y cagA. Conclusiones: la reacción en cadena de la polimerasa podría ser un método eficaz en la identificación del H. pylori en tejidos gástricos con neoplasias malignas embebidos en parafina. Esta se perfila como una estrategia atractiva para realizar estudios de epidemiología molecular y permitirá establecer posibles asociaciones de genotipos/subtipos del microorganismo con variables clínicas, epidemiológicas y de manejo del paciente.

Introduction: Helicobacter pylori is considered one of the main causal agents of chronic gastritis, peptic ulcer and gastric malignant neoplasms in humans. Objective: to evaluate polymerase chain reaction for identification of Helicobacter pylori and its genotypes in paraffin embedded gastric tissues with malignant neoplasms. Material and Methods: sections of five paraffin blocks from five patients with gastric malignant neoplasms were studied. They were analyzed through routine and special stains of pathological anatomy, as well as the polymerase chain reaction technic for microorganism and genotypes detection. Results: the infectious agent was identified in all of the analyzed blocks through the polymerase chain reaction technic in correspondence with its detection through histologic techniques. This methodology showed a genetic variability of the pathogen in the analyzed samples in respect to vacA and cagA genotypes. Conclusions: the polymerase chain reaction could be an efficacious method for the identification of H. pylori in paraffin embedded gastric tissues with malignant neoplasms. It is projected as an attractive strategy for performing studies of molecular epidemiology and the establishment of possible associations between genotypes/subtypes of the microorganism and clinic or epidemiologic variables, and patient handling.

Influencia del método de desparafinación y el tiempo de almacenamiento en la extracción de DNA a partir de tejidos de archivo / Influence of the metod of dewaxing and the time of storage in DNA's extraction from stored tissues

Los tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina son un material de incalculable valor para estudios retrospectivos que requieran aplicar el análisis molecular a muestras clínicas de archivo. Sin embargo, la extracción del DNA a partir de este material consume mucho tiempo y los reactivos usados pueden contribuir a su fragmentación y contaminación, dificultando de esta forma su uso para pruebas moleculares. En este trabajo se analizaron cuatro métodos de desparafinación y su efecto sobre la cantidad y calidad del DNA. Todos los métodos mostraron una alta fragmentación del DNA, con amplificación de fragmentos de tamaños menores a 200 pb. El método de microondas fue el único que permitió amplificación de fragmentos de mayor tamaño, además de presentar la ventaja de su simplicidad, poco tiempo de ejecución y bajo costo. El tiempo de almacenamiento influyó, obteniéndose amplificación hasta 6 años y no en muestras almacenadas 10 años.

Formaline-fixed and paraffin wax embedded tissues are an invaluable source for retrospectives molecular analysis with clinical correlation. However, DNA extraction from this type of material demands a prolonged time and the DNA is often highly fragmented and contaminated by protein agents, making it inadequate for molecular purposes. Four methods to deparaffinization are tested and compared the quality and quantity to DNA obtained. All techniques lead to DNA degradation but only short sequences can be amplified, less than 200 bases in all methods. The most efficient method uses a microwave to melt the wax. This method was quick, straighforward, cheaper and effective to amplify fragments the 450 pb. The time of storage influenced, with amplification to specimens to 6 years and not in samples stored 10 years

Un método rápido de reprocesamiento para microscopia electrónica de cortes histológicos en parafina / A fast method of re-processing for electron microscopy of histologic cuts in parafine

Se describe un método simple rápido para el re-procesamiento de tejidos incluidos en parafina usados en microscopia electrónica de transmisión (MET) y de rastreo (MER). Los tejidos incluidos en parafina se seccionaron, desparafinaron en tolueno y se expusieron a vapores de osmio mediante irradiación con microorndas en horno de microondas doméstico. Los tejidos fueron embebidos en resina epóxica, polimerizados y seccionados. El método de procesamiento requirió un tiempo relativamente corto (aproximadamente 30 minutos para MET y 15 para MER) y rinde una calidad razonable de la ultraestructura para propósitos diagnósticos.

A simple and rapid method is described for re-processing of light microscopy paraffin sections to observe they under transmission electron microscopy (TEM) and scanning electron microscopy (SEM). The paraffin-embedded tissue is sectioned and deparaffinized in toluene; then exposed to osmium vapor under microwave irradiation using a domestic microwave oven. The tissues were embedded in epoxy resin, polymerized and ultrathin sectioned. The method requires a relatively short time (about 30 minutes for TEM and 15 for SEM), and produces a reasonable quality of the ultrastructure for diagnostic purposes.